Las intrigas y las conspiraciones entre los dos bandos, los veteranos baquianos bajo el liderazgo de Balboa y los recién llegados chapetones al mando de Pedrarias, sacudieron la vida de la ciudad. Esta micro-historia, ya muy estudiada y a menudo teñida de leyenda, nos permite enfocar una cuestión central: lo que estaba en juego no era simplemente el control político en la zona, sino el  tipo de Imperio que se estaba gestando. 

Detrás de las luchas de poder es posible entonces entrever dos modelos de conquista y de colonización antagónicos, que determinaron la relación con los indígenas en el nuevo contexto social, el manejo de las relaciones con la corte, los mitos relacionados a El Dorado, las amazonas y el canibalismo, hasta las polémicas sobre la alimentación, el clima y la salubridad del lugar.

La colonia darienita capitaneada por Balboa era una civitas sin urbs, es decir un conjunto de vecinos sin la infraestructura material e institucional necesaria para constituirse en ciudad. Por lo contrario, la Santa María de la Antigua planeada desde Castilla era una urbs sin civitas, un diseño de ciudad, con su escudo de armas y su obispado, pero sin las relaciones propias de una ciudad. 

El primer modelo de conquista implementado por Balboa se caracterizó por la puesta en marcha de un sistema de vasallaje de carácter semi-feudal, tanto frente a los cacicazgos indígenas como frente al rey. La nueva colonia, basada en una economía de trueque integrada al sistema social antecedente a la llegada de los españoles, gozó de una amplia autonomía con respeto a España. Siguió vigente un imaginario fuertemente anclado en una cosmovisión medieval, cuyo referente era la toma de ciudades moras a lo largo de la reconquista. 

Pedrarias por el contrario privilegió la desarticulación de las sociedades indígenas, a favor de un sistema colonial basado en la implementación de un sistema económico-administrativo de vocación imperial fuertemente dependiente de la Corona.  Para evitar  el surgimiento de reinos cristianos de ultramar, oficialmente tributarios de la Corona pero de hecho semi-independientes o abiertamente rebeldes, el gobernador ejerció un control directo sobre las nuevas tierras y los nuevos súbditos.