Después del traslado de la capital a la Ciudad de Panamá en 1519, Fernández de Oviedo relata como Santa María de la Antigua se fue despoblando poco a poco. En sus últimos días por las calles caminaban solo unos cuantos vecinos sobrevivientes. En 1524 los mismos indígenas esclavizados, y «otros que con ellos se juntaron», mataron a sus amos y quemaron la ciudad. 

Santa María de la Antigua existió por un tiempo relativamente corto, sin embargo aquí se configuró la esencia de la primera etapa de la conquista de América. La gente de la Antigua continuó sus pasos con nuevas fundaciones españolas: Acla, Nombre de Dios y Panamá, y de ahí hacia otras regiones, como Nicaragua y Perú, logrando en menos de cincuenta años conquistar un territorio inmenso, desde Chile hasta México. A pesar de ello, no lograron controlar completamente el continente: algunas regiones siguieron bajo el gobierno de las poblaciones indígenas o de grupos de cimarrones africanos. Muchas de estas poblaciones permanecen hoy en día.

En Europa, el uso de campanas se convirtió en una parte fundamental del paisaje sonoro de la Edad Media y se utilizó tanto en monasterios, como en iglesias y capillas. En los monasterios sonaban al comienzo de las oraciones correspondientes, varias veces al día. En las iglesias y capillas señalaban el inicio de las liturgias, el paso de las horas y también, con intenciones más seculares, como un verdadero medio de comunicación para la comunidad. En la ciudad medieval, las fases de la vida de las personas y las familias estaban marcadas por el ritmo de las campanas: del bautismo a la confirmación, del matrimonio al funeral. 

Los códigos sonoros variaban de una región a otra y los campaneros tenían que conocer muy bien los hábitos formas locales para no equivocarse: un mismo toque podía significar dos cosas distintas según el lugar. Las campanas podían servir no solo para avisar sobre incendios o aluviones, granizadas o tormentas, sino también para ahuyentar esas mismas catástrofes. 

En la Antigua del Darién, sonaban las campanas de la iglesia catedral, pero también las del monasterio de San Francisco, las de la iglesia de San Sebastián y posiblemente las de la capilla del hospital de Santiago. Sabemos que, en caso de peligro, las personas debían salir a la calle para ayudar. Aquellos que no atendieran al llamado, debían pagar multas en oro y hasta días de cárcel, según el caso. 

En la ciudad, cuando dos campanas tocaban rápidamente y sin descanso, significaba que la ciudad estaba siendo atacada por indígenas y todos debían salir con sus armas. En cambio cuando se oía solo una campana a ritmo más lento y repetido, significaba que había incendio. En tal caso los vecinos debían salir con hachas para cortar leña y vasijas con agua para apagar el fuego. 

Sin embargo, en el paisaje sonoro del Darién había también otros lenguaje de ritmos y sonidos, del que sabemos mucho menos, que pertenecía a las poblaciones nativas. Los tambores, hechos con palos huecos o en madera y cuero de venado, se utilizaban para rituales, fiestas, guerras pero también para señalar varios acontecimientos, como la necesidad de reunirse en la casa del cacique para un juicio o acompañar la muerte de una persona importante. Igualmente se utilizaba el sonido de grandes caracoles de mar para convocar a la gente en un sitio y para acompañar las batallas.