Santa María de la Antigua del Darién, en su breve existencia como poblado y ciudad castellana, tuvo varias etapas. A la conquista del poblado indígena Darién, en 1510, le siguen cuatro años de liderazgo de Vasco Núñez de Balboa, elegido como alcalde del nuevo asentamiento por un grupo de alrededor de trescientos conquistadores —en un primer momento junto a Martín de Zamudio—, en lo que se considera el primer cabildo de América. Se trata, de hecho, de un verdadero “motín”, donde un grupo de españoles asentados al otro lado del mundo, aislados en el medio de un territorio desconocido, deciden rechazar a las autoridades constituidas, en este caso Martín Fernández de Enciso, segundo al mando después del gobernador Ojeda, y Diego de Nicuesa, el otro gobernador nombrado por el Rey.

Los dos fueron expulsados de la nueva colonia, condenados a enfrentarse al mar en pequeñas embarcaciones, con destinos diferentes: Enciso se salvaría y se convertiría en el peor enemigo de Balboa, mientras que de Nicuesa se perdería todo rastro.

En estos primeros cuatro años, los españoles transformaron y habitaron las casas del pueblo indígena, se fortificó el asentamiento y se inició una primera intervención en los espacios, como la conversión del centro principal del pueblo, la casa del cacique, en una capilla dedicada a la Virgen de la antigua.

A esta primera fase de semiautonomía le siguió la llegada de las instituciones y normas de España, con la armada del gobernador Pedrarias, en 1514. Santa María de la Antigua fue proclamada ciudad por edicto real, se amplió para acoger a los dos mil nuevos habitantes llegados de Sevilla y a sus sirvientes, y el propio gobernador se encargó de darle un orden más acorde con su nuevo rol de capital de Castilla del Oro.